1710-ben a királyi székhely Gelgel helyett a közeli Klungkung - a mai Semarapura - lett, de a helyi elégedetlenség folyamatosan nőtt, az uralkodó hatalma csökkent, és a hollandok elkezdtek a sziget belseje felé terjeszkedni az "oszd meg és uralkodj” elv alapján. 1846-ban a hollandok ürügyként használták fel a hajótörést, hogy Bali szigetén lehessenek, és szárazföldi katonai alakulatokat juttassanak a sziget északi területeire. 1894-ben a hollandok úgy döntöttek, hogy a Lombok - sziget uralkodóját, Sasaks-ot támogatják a balinéz fejedelemmel szembeni lázadás kapcsán. Több véres csata után a balinéz csapatok visszaszorultak Lombokon, majd Észak - Bali is holland ellenőrzés alá került. Úgy tűnt, hogy a déli rész sem fogja tudni szabadságát hosszú távon megtartani. A hollandok ismét ürügyet kerestek, hogy a bejussanak a sziget belsejébe. Egy kínai hajó megrekedt Sanurnál 1904-ben, amit a balinéz lakosság kifosztott. A hollandok követelték, hogy a badungi fejedelem 3000 ezüst dollárt fizessen a károk megtérítésére, amit persze megtagadtak. 1906-ban holland hadihajók érkeztek, Sanurnál partraszálltak, és a balinéz tiltakozás ellenére Denpasar külvárosától 5 km-es távolságig benyomultak a szigetre.

1906. szeptember 20-án a hollandok hadihajóikról bombázni kezdték Denpasart és megkezdték végső ostromukat. A három badungi fejedelem felismerte a tényt, hogy az ellenség létszámfölényben van, és fogytán a fegyverkészletük, így a vereség elkerülhetetlen. A legszörnyűbb és egyben legvalószínűbb lehetőség az volt, hogy az ellenséges csapatok bekerítik és kivégzik őket, ezért azt a döntést hozták, hogy az öngyilkosság hősibb formáját választják, harcolnak mindhalálig.

A hollandok nyomatékosan kérték, hogy adják meg magukat, minthogy reménytelen harcot folytassanak velük szemben, de a balinéz nemesség sorai egyre csak egyre érkeztek, hogy szembenézzenek a halállal. Összesen 4000 balinéz halt meg a puputan-nak nevezett hősi akcióban. Később a hollandok tovább haladtak keleti irányba, ahol a tabanani fejedelmet bebörtönözték, de a fejedelem inkább öngyilkos lett, minthogy szembenézzen szégyenteljes kivégzésével.

Karangasem és Gianyar királyságok megadták magukat, és rendelkezhettek valamennyi hatalommal, de az összes többi királyság vereséget szenvedett, és uralkodóikat kivégezték. Végül Klungkung fejedelme, aki követte a badungi példát, ismét szembesítette a hollandokat a puputan borzalmával. Miután a hódítók az utolsó akadályt is legyőzték, egész Balit fennhatóságuk alatt tudhatták. A holland uralom nem volt hosszú életű Balin, mivel a II. világháború alatt a sziget Japán fennhatóság alá került.